MONTEDOCK

Тип разработки: 
Программа
Регистрационный номер в ФАП: 
PR10012
Дата регистрации в ФАП: 
2010-04-19
Тематическая направленность: 
молекулярная биология, химия
Заявитель: 
Институт цитологии и генетики СО РАН
Разработчики программы (базы данных): 
Фомин Эдуард Станиславович
Аннотация: 

Назначение - докинг низкомолекулярных лигандов к белкам.
Область применения - молекулярная биология.
Используемый алгоритм - используется случайный поиск позиции лиганда в заданной области пространства. Лиганд рассматривается как гибкий, также случайным образом задаются углы вращения различных молекулярных групп. После случайного позиционирования, выполняется оптимизация геометрии лиганда методом LBFGS. Расчеты выполняются в силовом поле AMBER. Результатом выполнения является заданное число позиций с наименьшей энергией.
Функциональные возможности - докинг в заданной области пространства, докинг по всей поверхности заданного белка.
Инструментальные средства создания - С++.
Основывается на коде, опубликованном в "A library of software components for molecular modeling programs" авторов E.S. Fomin, N.A. Alemasov, A.S. Chirtsov and A.E. Fomin, Biophysics. 51, suppl. 1 (2006) 110-112.

Использованные при разработке материалы: 
нет
Регистрационный номер в Роспатенте: 
2008610260
Признак доступности программы (базы данных): 
доступ по запросу
Требования к аппаратным и программным средствам: 

Программа выполняется в LINUX и WINDOWS,
Программа используется в комплексе с программами BAUBLE и EMINIMA, поскольку связана с ними по форматам выходных данных.

Контактная информация: 
fomin@bionet.nsc.ru